В соответствии с проблематикой и идейно-тематическим своеобразием романа организованы его сюжет и композиция. В центре его находится образ Базарова, который объединяет все художественное полотно произведения. Значимость его очевидна: из 28 глав романа он не появляется лишь в двух. Сюжет, ограниченный достаточно узкими временными рамками, развивается четко и динамично. С приездом Аркадия и его друга в Марьино сразу возникает резкое столкновение двух героев – Базарова и Павла Петровича Кирсанова. В основе композиции романа лежит принцип антитезы, связанный с главным конфликтом – нигилиста Базарова и его идейного антипода Павла Петровича, защитника либеральных идеалов. В первой части этот конфликт, выражаясь в основном в форме диалогов, постепенно нарастает и переходит в открытую борьбу в сцене спора Базарова и Павла Петровича. Далее следует отъезд Базарова и Аркадия из Марьина и городские сцены, где с помощью образов-пародий уточняются основные позиции идейных противников, но главное – именно здесь завязывается новый сюжетный узел, связанный с любовной линией Базаров – Одинцова. С этого момента конкретноисторическая линия развития сюжета сменяется нравственнофилософской, на смену идейных споров приходят вопросы, поставленные самой жизнью.
Особенностью развития конфликта романа является то, что две противоположные позиции – Базарова и Кирсанова – во второй части, где развивается любовный сюжет, начинают сходиться и в результате оказываются сопоставимы по степени их отклонения от естественной нормы человеческой жизни. Эта “норма” дается через сопоставление, проводимое по нескольким сюжетным линиям. Она воплощается в идее связи поколений, утверждении непреходящих ценностей человеческой жизни – любви и семьи.
Конфликтный узел произведения – дуэль Базарова и Павла Петровича – расположен строго посредине между основными сюжетными эпизодами. Он отграничивает социально-политическую коллизию от той, что обращена к вечным проблемам: ведь оба они поставлены здесь в ситуацию жизни и смерти. С этой точки зрения они оба противостоят обитателям Марьина и Никольского, погруженным в иную, чем они, сферу интересов и чувств. Для обоих героев стремления к полноте бытия оканчиваются крахом: они разрушены глухими, враждебными силами, стоящими над человеком – силой Судьбы. “Со мной кончено. Попал под колесо”, – говорит Базаров перед смертью. Доживает свой век вдали от родины, без семьи, без родных, без друзей Павел Петрович. Финал романа имеет трагическую окраску, главный герой погибает. И все же можно сказать, что финал открыт: за картиной, рисующей смерть Базарова, следует краткий эпилог, в котором сообщается о том, как устраиваются судьбы других героев произведения. А значит, жизнь продолжается и конфликт, обозначенный в романе, еще ждет своего разрешения.