Вследствие того, что роман состоит из двух частей, в нем два главных героя: Мастер и Иешуа. Они являются героями-двойниками. Соответственно двойниками являются и многие второстепенные персонажи. Так, Иван Бездомный и Левий Матвей являются последователями своих учителей, Алоизий Могарыч и Иуда из Кириафа – их предателями.
Мастер пишет роман об Иешуа и Понтии Пилате. Своим романом он утверждает мысль о том, что борьба добра со злом вечна. Для него не страшен князь тьмы, ибо Мастер не верит ни в темные, ни в светлые силы. Для него существует вера в самого Человека и неизменные нравственные законы. Мастер уходит из земной жизни, но обретает покой. Однако настоящей наградой для него является самоотверженная любовь Маргариты. Судьба Мастера во многом повторяет судьбу Булгакова. И в Елене Сергеевне можно заметить черты Маргариты.
Любовь Мастера и Маргариты разрушается при столкновении с внешним миром и восстанавливается с помощью потусторонних сил. Маргарита встает на путь самоотдачи, жертвуя собой ради любимого человека. Она предпочитает Мастера своей богатой, беззаботной жизни в доме мужа, затем приносит себя в жертву во имя любви, став ведьмой ради того, чтобы узнать что-либо о Мастере.
Понтий Пилат себе и людям кажется человеком могущественным. Но проницательность Иешуа поражает прокуратора. Самодовольство наместника, его право распоряжаться всем поставлено под сомнение. Прокуратор решает судьбу Иешуа. Но в действительности истинную свободу обретает Иешуа, а не Понтий Пилат, оказавшийся заложником собственной должности, карьеры, совести.
Иешуа ничего не боится, обладает неимоверной силой духа. Его жизненная философия заключена в словах, которые по своему содержанию и значению актуальны во все времена. Свободный в мыслях и чистый душой, Иешуа говорит: “Злых людей нет”; “всякая власть – насилие над людьми”; “настанет время, когда не будет ни кесарей, ни другой власти. Человек перейдет в царство истины”.
Воланд со своей свитой приезжает в Москву, чтобы посмотреть, насколько изменились люди, не напрасна ли была жертва Иешуа. На представлении в театре “Варьете” он видит, что люди не изменились: “Люди как люди, квартирный вопрос только испортил их”. Доносы, жадность, взяточничество москвичей мало чем отличают их от жителей Ершалаима. Воланд – то зло, без которого не может существовать равновесие и справедливость в мире. Это суд вечности, воздающий каждому по заслугам. Мастер как и его герой Иешуа Га-Ноцри оправданы этим судом.
Изображение Москвы 30-х годов дано писателем необыкновенно ярко. С иронией, а порой и гротеском представлен Булгаковым литературный союз МАССОЛИТ, в описании которого легко можно узнать РАПП того времени. Литературная среда предстает в изображении Булгакова весьма неприглядно. Писатели озабочены не столько творческими проблемами, сколько бытовыми: дачными, продовольственными и др. Среди изображенных Булгаковым писателей ни один не занят непосредственно творчеством. И за все эти грехи, за безверие расплачивается Берлиоз, стоявший во главе литературного общества.