Две молодые девушки, “тополь и березка”, Лизавета Григорьевна Бахарева и Евгения Петровна Гловацкая возвращаются из Москвы после окончания института. По пути они заезжают в монастырь к тетке Бахаревой, игуменье Агнии, где Лиза демонстрирует новые взгляды на роль женщины в семье и жизни. Там же девушки знакомятся с простодушной молодой монахиней Феоктистой, потерявшей мужа и ребенка и сбежавшей в монастырь от суровой свекрови. В селе Мерево девушек встречают предводитель Егор Николаевич Бахарев с “детски простодушными голубыми глазами”, сдержанный Петр Лукич Гловацкий, мать Лизы Ольга Сергеевна и ее сестры: Зинаида, вышедшая замуж за помещика Шатохина, но периодически сбегающая от мужа к родителям, и Соня, “барышня, каких много”. Здесь же кандидат юридических наук Юстин Помада, “весьма симпатичной, но очень не презентабельной”, которого очень любит уездный врач Дмитрий Петрович Розанов, несчастный в браке с “вздорной” женой.
Вскоре Гловацкий с дочерью уезжают в уездный город, где отец вновь выполняет обязанности смотрителя училища, а Женни с охотой берется за нехитрое хозяйство. Частыми гостями их дома становятся два “благопристойнейших молодых человека” Николай Степанович Вязмитинов и Алексей Павлович Зарницын, доктор Розанов и еще несколько человек, составляющих “кружок очень коротких и очень друг к другу не взыскательных людей – совершенно новое явление в уездной жизни”. Зарницын призывает Гловацкую к высокому призванию гражданки, Вязмитинов по преимуществу молчит, а доктор делается жарким поклонником “скромных достоинств Женни”. Гловацкая никогда не скучает и не тяготится тихим однообразием своей жизни. Лиза остается в Мереве, но однажды приезжает к Гловацкой и просит забрать ее из семьи, где все “суетливо и мертво”, а иначе она превратится в “демона” и “чудовище”. Женни отказывается взять Лизу к себе, Вязмитинов снабжает ее книгами, а Женни провожает и сама убеждается в правоте подруги. После разговора с сестрой, грозящей увезти Лизу к себе, если ей не дадут жить “сообразно ее натуре”, Бахарев силой отправляет старшую дочь к мужу, а Лизе отдает лучшую комнату. На прощальном вечере перед отъездом на зиму в губернский город Женни и Лиза обращают внимание на молодого иностранца Райнера. В крещенский вечер, после неприятного эпизода на бале, когда Лиза вступилась за честь Женни, она, чуть не замерзнув по дороге, возвращается в Мерево, где решает жить одна. Старик Бахарев видит, что дочь не права, но жалеет ее и верит словам Агнии о бахаревском нраве, идеях о беспокойстве, которые должны пройти. Лиза приезжает к Гловацкой крайне редко, лишь за книгами Вязмитинова. Она беспорядочно читает, и все близкие люди кажутся ей “памятниками прошедших привязанностей”, живущих не в мире, а в “мирке”. На одном из вечеров у Гловацких происходит примечательный спор, в котором Розанов в противовес Зарницыну утверждает, что “у каждого народа своя драматическая борьба”, не различающаяся сословно. Брата Женни, Ипполита, сажают в тюрьму за студенческое дело, его судьбу решают заступничество и связи игуменьи Агнии. Зарницын скрытничает и, изображая из себя политического деятеля, подкладывает прокламации в карман ревизора училища грека Сафьяноса. Вязмитинов держится серьезнее и имеет общие дела с Райнером. Вскоре Вязмитинов признается Женни в любви. А на страстной неделе явно симпатизирующая Розанову Лиза призывает его бросить ту жизнь, которую ведет доктор, и уехать. Доктор дает обещание и вскоре уезжает в Москву. Туда же отправляется семейство Бахаревых.
В Москве Розанов поселяется у своего университетского товарища следственного пристава Евграфа Федоровича Нечая и его жены Даши, знакомится с постоянными посетителями их квартиры – хозяйкой дома штабс-капитаншей Давыдовской и корректором Ардалионом Араповым, который вводит Розанова в московский кружок “своих” людей и в дом Казимира Рациборского, впоследствии оказавшегося польским заговорщиком, решившим использовать “новых людей” для своих целей. Арапов представляет доктору “чужого” человека – уже знакомого Розанову француза Райнера, а также Белоярцева, Завулонова и прочих “социалистов”. Вечер заканчивается пьянством и похабными песнями, одинаково неприятными и Розанову и Райнеру. Оба входят в дом маркизы де Бараль и ее соседок -“углекислых фей чистых прудов” – сестер Ярославцевых. Мнимый Рациборский устраивает Розанова в больницу, где он сходится с работящим ординатором Лобачевским, уверенным, что “все страдания – от безделья”, и начинает писать диссертацию. Арапов знакомит Розанова с бердическим евреем Нафртулой Соловейчиком, выдающим себя за озлобленного представителя нации. Бахаревы в Москве живут в семье брата Ольги Сергеевны, чей сын Сергей “либеральничает”, и, чтобы “сходки” не закончились полицией, его мать специально разыгрывает арест сына, а в действительности отправляет его в имение. Кружок маркизы верит в арест, паникует и обвиняет “новых людей” – Розанова и Райнера – в шпионстве и предательстве. Между тем Соловейчик сочиняет донос на всех “либералов”, но по случаю убивает двух нищих, крадет их деньги и убегает. Розанова приглашает к себе генерал Стрепетов, говорит с ним как с “революционером”, призывает понять, что все, чем они занимаются, – безумие, и косвенно предупреждает о возможном интересе полиции. Розанов приезжает к Арапову и, пока все спят, сжигает напечатанные листовки, уносит литографский камень и тем обрекает себя на презрение. Но действительно явившаяся полиция показывает, что Розанов, напротив, всех спас, и мнение о нем меняется для всех, кроме Лизы, которая считает его досадившей “посредственностью”.
Маркиза де Бараль интересуется Лизой как “матерьялом” и вводит ее в кружок, который вскоре разваливается. Одна Лиза “не ослабевает” ни на минуту, хотя и ей “некуда” идти и неизвестно что делать. Лобачевскому отказывают в устройстве школы для женщин, и он уезжает в Петербург. Розанов в очередной раз мечтает наладить семейную жизнь, но вернувшаяся Ольга Александровна сразу же подрывает его репутацию в кружке “углекислых фей” и переезжает жить к маркизе. Лиза слепнет, не может больше много читать и знакомится со “стриженой девицей” Бертольди, “работающей над Прудоном” “материалисткой”. Розанов, которому “пусто” и нестерпимо скучно, заходит к Лизе, знакомится с “злосчастной Бертольдинькой”, живущей за бахаревский счет, и Лизиной институтской подругой Полинькой Калистратовой, чей муж растратил все состояние и оказался в остроге. Тогда как Бертольди считает ее лицом, подлежащим развитию, для Калистратовой Бертольди только “смешная”, Компания уезжает в Сокольники, куда вскоре наведается закончивший “московский революционный период” Белоярцев, а с ним и все те, кто уцелел от рассыпавшегося “кодла”. Их общество утомляет Розанова, у которого зарождаются самые нежные чувства к Полиньке. Помада привозит от Женни подарки, Лиза искренне радуется встрече, и он остается в полном ей подобострастии.
Приехавший из Петербурга социалист Красин доказывает приоритет физиологии над нравственными обязательствами и проповедует критерий “разумности”. Розанов стоит за “неразрешимый” брак и получает от Бертольди именование “постепеновца” и “идеалиста”. Лиза обвиняет доктора в эгоизме и равнодушии к человеческому горю, Розанов указывает на ее бесчеловечное отношение к приученному и погубленному Помаде и призывает при необъятной шири стремлений и любви к человечеству жалеть людей, которые ее окружают. По его мнению, все Лизины знакомые – за исключением Райнера, “пустозвоны” – устраивают так, что порядочный человек стыдится названия русского либерала. После разрыва с Лизой Розанов общается только с Полинькой Калистратовой, но в его жизни вновь устанавливается “военное положение”: Ольга Александровна настаивает на разводе. Розанов начинает пить, но Полинька его выхаживает, и они уезжают в Петербург. После того как Ольга Сергеевна грозит Лизе “смирительным домом”, она окончательно расходится со своим семейством, и, проклинаемая Бахаревым, уезжает с Бертольди в Петербург, где, читая “Учение о пище” Молешотта, плачет об отце. У старика, от которого “ушла” дочь, случается удар, и вскоре и он, и Ольга Сергеевна умирают. Обвенчавшаяся с Вязмитиновым Женни перебирается в Петербург.
Розанов продолжает жить с маленькой дочерью, служит полицейским врачом и не расстается со ставшей акушеркой Полинькой. Встретив няню Абрамовну, он узнает о местонахождении Лизы и находит ее постаревшей и подурневшей. Лиза живет гражданской семьей с Бертольди, Белоярцевым и другими “людьми дела”, полными презрения к обыкновенному труду, равнодушными к карьерам и семейному началу и рассуждающими о неестественности распределения труда и капитала, но по-прежнему не знающими, что делать. Здесь часто бывает Райнер, у которого своя коммуна, живущая за его счет. Белоярцев создает себе более влиятельное “амплуа”, живет в доме “генералом” и, по мнению Лизы, нарушает “общественное равноправие”. Лиза и Розанов с Полинькой приезжают к Вязмитиновым, но, когда появляется Райнер, который, по мнению Лизы, “лучше всех”, кого она знала, Вязмитинов очень недоволен: ему, как считает неизменившаяся жена, мешают люди, которых он прежде любил и хвалил. Еще через полгода Вязмитинов получает орден и вовсе отрекается от прежних друзей и идеалов, входя в кружок чиновной аристократии с либерально-консервативным направлением. У Калистратовой и Розанова рождается дочь. Лиза уходит из дома Согласия, где Белоярцев устанавливает диктаторские порядки. Райнер уезжает в Польшу сражаться за свободу холопов. Помада исчезает.
Лиза все чаще и чаще бывает у Женни, где они не обращают внимания на “буку” Николая Степановича. Райнер признается Лизе, что мечтает об уничтожении “профанации учения” и закрытии дома Согласия. Лиза обвиняет его в трусости. Между тем за Райнером устанавливают слежку, и Женни отдает ему подорожную мужа. Райнер зовет Лизу, но, не дождавшись и прячась от Вязмитинова, убегает. Лиза страдает, что “всех разогнала” и “растеряла”, а жильцы дома уничтожают все компрометирующие бумаги, но к ним заходит лишь лавочник с требованием денег.
В это время в Беловежской Пуще отряд восставших, возглавляемый паном Кулей, набредает на дом, где умирают два тяжелораненых. Один из них оказывается Помадой, которому “надоело жить” и чья мать была полькой. Но тут на отряд нападают, и Райнера с умирающим Помадой на руках берут в плен. Когда Лиза узнает о возможном аресте Райнера, она просит у Розанова занять для нее денег у мужа Софьи барона Альтерзона. Но тот отказывается давать денег “на распутства” и объявляет, что, по завещанию матери, Лиза лишена наследства. Розанов узнает в нем Нафтулу Соловейчика. После еще одной неудачной попытки устроиться на службу Лиза получает известие о скором расстреле Райнера и пропадает. Бертольди затаскивает в дом Согласия Ольгу Александровну Розанову. Через девять дней Лиза возвращается в жестокой горячке и признается, что ездила на казнь. Следуя мольбам Женни и Абрамовны, больная соглашается исповедаться и причаститься и просит Лобачевского в крайнем случае дать ей яд. Умирает Лиза со словами: “С ними у меня общего хоть ненависть и неумение мириться с обществом, а с вами ничего”. На день именин Вязмитинова собирается пирушка, где Зарницын с крестом ратует за введение мирового положения о крестьянах, брат Женни Ипполит, служащий чиновником при губернаторе, ведет разговор о старых знакомых, карьере и правах женщин. Женни заявляет, что в отличие от тех, кто “подурил” в молодости, “колобродить” ей было “некуда”. Ольга Александровна сбегает из дома Согласия и поселяется в квартире Розанова, разделенной им на две отдельные половины.
Спустя месяц возвращается домой купеческий сын Лука Николаевич Маслянников. Ему рассказывают, что Ольга Александровна ушла в монастырь “белицей”. А он обещает устроить школы и больницы, но утверждает, что новыми сочинениями его “не сшибешь”. И сердито говорит о людях, у которых только одни пустяки на уме. Они “мутоврят” народ, а сами дорогу не знают и без “нашего брата” не найдут.