Василий Васильевич Попугаев родился в 1778 году в Петербурге в семье художника. Он рано остался без родителей и в 1786 году был принят на казенный счет в гимназию Академии наук, в которой проучился 12 лет, но не закончил курса, а в 1797 г. поступил на службу в Санкт-Петербургское цензурное ведомство, одновременно учительствуя в немецкой школе Св. Петра, где преподавал русский язык и литературу.
Обладал энциклопедическими познаниями в философии, юриспруденции, лингвистике, знал древние и современные европейские языки. Огромное влияние на него оказали философско-политические идеи А. Радищева, с которым он познакомился в 1801. В том же году Попугаев участвовал в организации «Вольного общества любителей словесности», наук и художеств (первоначальное название — «Общество любителей изящного»).
Перевел на русский язык ряд произведений европейских просветителей. В своих публичных выступлениях и публицистике отстаивал идеалы Просвещения, выступал против любых форм рабства, вслед за Радищевым отстаивал принцип неприкосновенности личности и равенства всех граждан перед законом. В 1801 году Попугаев напечатал небольшую книжечку стихотворений под названием «Минуты муз», этот сборник считается его первым литературным опытом. Но значительная часть, написанного им, осталась неопубликованной. В своих произведениях он призывал к реформам, требуя отменить крепостное право. Отдельно изданы сентиментальная повесть «Аптекарский остров, или Бедствия любви» (1800 г.), вышеупомянутый сборник «Минуты муз» (1801 г.).
В 1802 году Попугаев подал на имя Александра I прошение, приложив к нему два своих сочинения — «Опыт о влиянии просвещения на правление и законы» и «О твердости законов», что помогло определению его в Комиссию составления законов, где до этого служил Радищев.
В Комиссии он служил до августа 1811 г., сначала в должности помощника редактора во 2-ой Экспедиции, а потом (с 1809 г.) — начальника архива комиссии.
В 1802-1807 гг. участвовал в «Вольном обществе любителей словесности, наук и художеств», которое сам и организовал с несколькими выпускниками академической гимназии.
Гражданские мотивы, содержащиеся в его стихах («Пигмалион», «К друзьям») перемежаются с признанием тщетности человеческих усилий в борьбе со злом. Но все же его поэзия предвосхитила поэзию декабристов, проникнутую гражданским пафосом и патриотизмом. Попугаев утверждал формальное равенство всех перед законом и необходимость установления конституции. Но постепенно в «Вольном обществе» произошли изменения, заставившие Попугаева отойти от дел и творчества. Сторонники чисто литературного направления взяли руководство обществом на себя. По неизвестным причинам тогда же его уволили со службы.
Наиболее полно выразил свои социально-философские воззрения в трактате «О благоденствии народных обществ» (опубл. 1807).
18-го июня 1812 г. Попугаев перешел на службу в Экспедицию Путей Сообщения, где сначала исполнял должность столоначальника разряда сухопутных сообщений, а затем был переводчиком в Канцелярии Главного Управления.
Умер Попугаев в Твери около 1816.