Роман состоит из пяти частей – каждая рассказывает об одной из казней Господних, обрушившихся на землю, как предсказывал пророк Иезикииль.
Часть первая – “Притча о потерянном брате” – повествует о второй казни – голоде. Место действия – голодная Украина во времена коллективизации; 1933 г. В сельской чайной Мария, девочка-нищенка, пытается выпросить что-нибудь Христа ради, но никто не подает ей – кроме еврейского мальчика, который делится с ней нечистым хлебом изгнания. Деревенские возмущены поступком чужака; хлеб у девочки отбирается. Мальчик, отдавший свой хлеб, – Дан, Аспид, Антихрист, брат Христа-Мессии. Через откровения пророков он общается с Господом, пославшим его на землю, в Россию, так как этот народ солгал на Господа, отказался от него – и тем самым заменил ярмо деревянное на ярмо железное.
Девочка Мария вместе с младшим братом Васей возвращаются в свою голодающую деревню. Мать решает разделить семью – кого-то из детей подкинуть чужим, кого-то просто оставить; сама уезжает на заработки в другой город. Перед отъездом она ведет Марию и Васю в город; голодным детям чужак снова подает хлеб, но мать выбрасывает “не наш, неправославный” кусок. Позже, в городе, дети еще раз попросят у Антихриста милостыню, но на этот раз их остановит милиционер – попрошайничать запрещено.
Брошенные матерью дети попадают в приемник. Им дают проводника, чтобы с его помощью они могли вернуться домой. По дороге проводник насилует Марию и сбегает. Дети опять попадают в приют; ночью сторож рассказывает им сказочку про “Божью деточку” “Иисуса Христа”, замученного жидами. Марию увозят куда-то из города. Девочка сбегает; оказавшись одна в заснеженном поле, она бредет по нему, плача Божьим плачем, от которого просветляется сердце. Мария разыскивает свою старшую сестру Ксению, около года живет у нее в доме. Однажды она становится ненужной свидетельницей семейных сцен, и ее отсылают обратно, в деревню. Там ей тоже никто не рад; плача от несправедливости, Мария снова бродит по полю; там она встречает Дана, Антихриста. На вопрос о причине слез девочка отвечает: “оттого, что евреи-жиды убили Сына Божьего и он теперь на небе, а Вася, брат мой, на земле, в городе Изюме”. Так сбылось пророчество Исайи: “Открылся Я не вопрошавшим обо Мне, нашли Меня не искавшие Меня”.
Мария отправляется в Керчь, к матери. Через некоторое время мать умирает, Мария становится портовой проституткой. Однажды, голодная, она опять встречает Дана, тот подает ей нечистый хлеб. Мария платит ему своей любовью. Антихрист идет далее; земле и народу за ложь на Господа суждена вторая кара – меч. Мария, осужденная за проституцию и бродяжничество, рождает в тюрьме от Дана сына – Васю. В 1936 г. она умирает.
Вторая часть начинается с рассуждения о подражании Господу – инстинктивно либо через разум. Автор отстаивает мысль о том, что евреи – народ не лучше и не хуже других; но народ этот замечателен своими пророками, которые умели слушать Господа. В “Притче о муках нечестивцев” рассказывается о девочке Аннушке. Она живет во Ржеве вместе с матерью и двумя братьями; один из них погибает по вине сестры. Однажды к Аннушке приходят воры; во время следствия девочка указывает на невиновного человека – того сажают в тюрьму. Матери дают новую квартиру. Однажды к Аннушке приходит Дан, Антихрист. Рассматривая росписи на стенах, он размышляет о том, что Христа церковники подменили идолом, изможденным александрийским монахом; сейчас, весной 1941 г., этот монах, в свою очередь, подменен “ассирийским банщиком” – Сталиным. Над ржевскими бараками Антихристу является видение меча – сбываются слова Господа: “Горе городу кровей, и я разложу большой костер”. Начинается война. Мать Аннушки умирает; девочка попадает в детдом. Аннушка, за время оккупации успевшая пообщаться с немцами, научилась ненавидеть евреев. Детдомовская девочка Суламифь раздражает ее. Завидуя, что при эвакуации еврейка попала к хорошей приемной матери, Аннушка доносит немцам, что Суламифь – нерусская. Еврейку убивают, Аннушку – отсылают в Германию, на работы. Перед ее отъездом к поезду приходит Дан и просит девушку, чтобы в Германии та вслух прочла лист бумаги, который он ей вручает. Антихрист должен проклясть немцев, как Господь когда-то через Иеремию проклял Вавилон. Сам пророк не может вступить в нечестивую землю.
Одна из женщин, угоняемых вместе с Аннушкой в рабство, просит Дана взять ее ребенка, девочку Пелагею. Немцы, заметившие еврея, пытаются убить его, но Антихриста убить невозможно.
Аннушка выполняет поручение Дана – нечестивая Германия, ненавидящая Бога и любимый им народ, проклята. Сама Аннушка вскоре умирает от лихорадки.
Действие “Притчи о прелюбодеянии”, повествующей о третьей казни – похотью, происходит в 1948 г. В приволжском городе Бор живет семья Колосовых – фронтовик Андрей, его жена Вера и две дочери – Тася и Устя. Недалеко живет странная еврейская семья – Дан Яковлевич и его дочь Руфина, на еврейку совершенно непохожая. Вера Копосова, отношения которой с мужем очень сложны, познакомившись с Даном, влюбляется в него. Понимая, что напрямую она не сможет соблазнить еврея, она сводит с ним свою дочь Тасю. Та тоже влюбляется в Дана, они встречаются. Об этих свиданиях узнает отец. Вместе с доносчиком Павловым они пытаются убить Антихриста, но это оказывается невозможным. Вера является к Дану и предлагает свое заступничество в обмен на то, что он переспит с ней. Антихрист, любящий дочь, вынужден совершить прелюбодеяние с матерью. Руфина случайно оказалась свидетельницей их встречи, и Тася все видит и рассказывает о грехе матери отцу. Тот сначала пытается убить жену, затем в тот же день умирает от горя. Руфина тем временем убегает в лес; там ее едва не насилует похотливый антисемит Павлов; девушку спасает лишь появление двух медведиц. После пережитого Руфь осознает, что она – пророчица, и мирится с отцом, проклятием очистившимся от греха своего.
Часть четвертая, основа которой – “Притча о болезни духа”, повествует о травле евреев в начале 50-х гг. Притче предпослано вступление – авторское размышление о русском антисемитизме. За эту духовную болезнь Бог посылает четвертую казнь – болезнь, моровую язву.
В Москву, в семью Иволгиных, состоящую из еврея-искусствоведа, его русской жены Клавдии и их сына Савелия, приезжают двое детей – Нина и Миша, из Витебска. Они – племянники Клавдии; родителей их арестовали по обвинению в белорусском национализме. Иволгины, люди всего боящиеся, всячески скрывающие свое еврейство, отказываются от детей. За семейством Иволгиных молчаливо наблюдают двое их соседей по квартире – дворник-еврей Дан Яковлевич и его дочь. В стране в это время идут массовые разоблачения евреев-космополитов. Трусливый Иволгин, пытающийся уберечься от ареста участием в травле своего народа, вскоре тоже арестован. На первом же допросе его убивает следователь.
После 1953 г. у овдовевшей Клавдии появляется новый поклонник – старик Иловайский, разумный антисемит. Он ведет с Даном долгие споры о русском христианстве. В качестве примера старик разбивает чашку: целая, она проста; разбитая, становится сложной. Дан, Антихрист, чувствует, что переспорить Иловайского невозможно – христианство слишком искажено в греческой и средневековой интерпретации. Слово, о котором говорит Евангелие от Иоанна и Иловайский, на самом деле лишь унижает смысл.
Предисловием к пятой части – “Притче о разбитой чаше” – служит авторское рассуждение о соотношении иудейства и христианства. Герои пятой части – дети Антихриста от разных матерей: Андрей Копосов, сын Веры, Василий Коробков, сын Марии, и Пелагея-Руфь, пророчица, приемная дочь Дана. Василий, Андрей и Савелий Иволгин учатся в Литературном институте. Андрей сам приходит к Библии, постигая ее смысл – противоположный христианскому. Однажды молодые люди сходятся на модной выставке в Третьяковке; Пелагея узнает в воинствующем антисемите Василии сына своего отца. Тот, проклиная “жидов”, устраивает скандал. Убедившись в сходстве с отцом – “жидом”, Василий вешается.
К Андрею приезжает его мать, Вера Копосова. Она сообщает ему, что он – сын Дана. Андрей, “доброе семя”, знакомится со своим отцом; собравшаяся семья тихо справляет еврейский религиозный праздник.
Находясь в полубезумии от неутоленной похоти, Савелий создает в алхимической колбе двух “философских человечков”. В разговорах с ними он узнает ответы на самые главные вопросы – о путях к Богу, об истине, добре и зле, о разумном обосновании веры в Бога. Он окончательно впадает в безумие, и его увозят в психбольницу.
Пелагея, живущая девственницей, чувствует, что пришла пора стать женщиной. По примеру дочерей Лота она соблазняет отца своего, Антихриста. Тот, чувствуя, что свершается замысел Господень, в опьянении насилует ее. Пророчица Пелагея зачинает сына от Антихриста. Тот, совершивший все, предназначенное ему на земле, умирает. Перед смертью он наставляет сына Андрея, который идет к Богу самым сложным путем – через разум, через сомнение.
Сын Пелагеи и Антихриста, тоже Дан, слушает, как мать читает ему речения пророка Второисайи, задолго до Христа высказавшего те же идеи.
Андрей, Пелагея с сыном и излечившийся Савелий едут за город, в лес. Глядя на суровую зимнюю природу, они постигают сущность антагонизма Христа и Антихриста: первый – заступник грешников и гонителей, второй – покровительствует жертвам гонимым. Близится расплата за гонения, самая страшная казнь пятая – жажда по слову Господнему, от которой не спасет и Христос.